Mentre Antonio pregava da solo nella camera che gli era stata messa a disposizione, il padrone di casa che lo aveva ospitato, occhieggiando di nascosto attraverso una finestra, vide comparire tra le braccia del beato Antonio un bimbo bellissimo e gioioso. Il Santo lo abbracciava e baciava, contemplandone il viso con lena incessante.

Quel cittadino, stupefatto ed estasiato per la bellezza del bambino, andava chiedendosi tra sé da dove fosse venuto un pargolo così leggiadro. Quel bimbo era il Signore Gesù in persona, che rivelò ad Antonio come l’ospite stesse osservando la scena.

Dopo una lunga preghiera, scomparsa la visione, il Santo chiamò l’uomo e gli proibì di manifestare a chiunque, finché fosse in vita, ciò che aveva veduto. Da questo episodio nasce la celebre iconografia di Sant’Antonio con il Bambino Gesù in braccio.

A Rimini Antonio cercava di convertire un eretico e la disputa si era incentrata sul sacramento dell’Eucaristia, ossia sulla reale presenza di Gesù. L’eretico, di nome Bonvillo, lanciò la sfida ad Antonio: «Se tu, Antonio, riuscirai a provare con un miracolo che nella Comunione dei credenti c’è il vero corpo di Cristo, io abiurerò ogni eresia e mi sottometterò senza indugio alla fede cattolica».
Antonio accettò la sfida, convinto di ottenere dal Signore ogni cosa per la conversione dell’eretico. Bonvillo aggiunse: «Terrò chiusa la mia giumenta per tre giorni, privandola del cibo. Trascorsi i tre giorni, la condurrò in piazza alla presenza del popolo e le mostrerò la biada pronta. Tu intanto le starai di fronte con quello che affermi essere il corpo di Cristo. Se l’animale, pur affamato, rifiuterà la biada e adorerà il tuo Dio, io crederò sinceramente alla fede della Chiesa».
Antonio pregò e digiunò per tutti e tre i giorni. Nel giorno stabilito celebrò la Messa davanti alla folla e poi, con somma riverenza, portò il corpo del Signore davanti alla giumenta affamata. Contemporaneamente Bonvillo le mostrava la biada.
Antonio impose il silenzio e comandò all’animale: «In virtù e in nome del Creatore, che io, per quanto ne sia indegno, tengo tra le mani, ti dico, o animale, e ti ordino di avvicinarti prontamente con umiltà e di prestargli la dovuta venerazione, affinché i malvagi eretici apprendano chiaramente che ogni creatura è soggetta al suo Creatore».
La giumenta rifiutò il foraggio e, chinando la testa, si accostò genuflettendosi davanti al sacramento del corpo di Cristo in segno di adorazione. Vedendo l’accaduto, tutti i presenti — compresi gli eretici e Bonvillo — si inginocchiarono adoranti.

A Ferrara viveva un cavaliere estremamente geloso della moglie, donna di innata grazia e dolcezza. Quando ella rimase incinta, l’uomo la accusò ingiustamente di adulterio. Una volta nato il bambino, che aveva la carnagione abbastanza scura, il marito si persuase ancora di più di essere stato tradito.
Il giorno del battesimo, mentre il corteo si recava in chiesa con il padre, i parenti e gli amici, Antonio passò di lì. Conoscendo le accuse del cavaliere, impose il nome di Gesù al bimbo e gli chiese: «Chi è tuo padre?».
Il bambino, nato da poco, puntò il dito verso il cavaliere e, con voce chiara, disse: «Questo è mio padre!». La meraviglia dei presenti fu grande, e soprattutto quella del cavaliere, che ritirò ogni accusa contro la moglie e visse con lei felicemente per il resto dei suoi giorni.
Questo episodio, il celebre “Miracolo del neonato”, è stato immortalato anche da Tiziano in un affresco del 1511, conservato nella Scuola del Santo a Padova.

Per correre ad ascoltare la predicazione di Sant’Antonio, una madre uscì di casa in tutta fretta, lasciando il figlioletto solo e incustodito. Quando la videro tornare dalla predica, i vicini le chiesero: «Dov’è tuo figlio?».

La donna si strappò i capelli e si graffiò il viso in preda al terrore: solo in quel momento ricordò di aver dimenticato il piccolo nella caldaia dell’acqua bollente.

Una piccola folla la seguì nella sua disperata corsa verso casa, e lo stupore di tutti fu grande quando scoprirono che il bambino stava giocando con l’acqua bollente, ma era del tutto illeso.

L’8 aprile 1263 i frati, alla testa dei quali c’era San Bonaventura da Bagnoregio, Generale dell’Ordine francescano, riportarono alla luce la cassa contenente le spoglie mortali di frate Antonio, morto trentadue anni prima, il 13 giugno 1231.
L’intenzione era di spostare le spoglie del Santo dalla chiesetta di Santa Mater Domini, dove era stato sepolto quattro giorni dopo la morte, alla vicina Basilica giunta al termine della seconda fase di costruzione.
Quando la cassa fu aperta, tra polvere e cenere e ciò che restava del corpo di Antonio, i frati trovarono la lingua (la parte del corpo che si decompone per prima) ancora intatta, rosea e compatta come quella di un uomo vivo, assieme al mento. Si gridò al miracolo: è da allora che la lingua incorrotta di Sant’Antonio è una delle reliquie più venerate della Basilica del Santo a Padova.

Antonio teneva a Montpellier, in Francia, un corso di predicazione. Durante il discorso nella chiesa cattedrale si ricordò che quel giorno toccava a lui cantare l’Alleluia durante la Messa conventuale che si celebrava nel suo convento, e non aveva incaricato nessuno di sostituirlo.
Sospese allora il discorso, si tirò il cappuccio sul capo e rimase immobile per alcuni minuti. Meraviglia: nello stesso istante i frati lo videro nel coro della loro chiesa e lo udirono cantare l’Alleluia.
Al termine del canto, i fedeli della cattedrale di Montpellier lo videro scuotersi come dal sonno e riprendere la predica. In questo modo Dio dimostrò quanto fossero a Lui gradite le fatiche del suo servo fedele.